El Plan de Fortalecimiento Académico (PFA) impulsado por la administración de la Dra. María Isabel Rodríguez pretendía sentar las bases del proyecto de reforma académica de la Universidad de El Salvador. Dos elementos eran clave en esa propuesta: la investigación científica y la formación de recurso humano con altos estándares de calidad académica.

En 2002, se fundó el Consejo de Investigaciones Científicas (CIC-UES), que debía ejecutar la política de investigación, promover, y coordinar la investigación de la institución. El CIC-UES definió siete áreas prioritarias de investigación; desde problemas de medio ambiente, salud, recursos energéticos, pobreza, seguridad alimentaria hasta la identidad cultural. Cada año abre convocatorias para presentación de proyectos de investigación y concursar por el financiamiento que la institución otorga. Como la Universidad no tenía una partida de investigación, hubo necesidad de crear una, con la simbólica suma de cien colones.

Ya para el año 2002 se tuvo medio millón de dólares; a la convocatoria se presentaron 57 proyectos de investigación, de los cuales se aprobaron 39. En 2003 se aprobaron 44 y en 2004 fueron 25; en 2005 se aprobaron 16. De ahí en adelante fueron menos; en parte porque los requerimientos del CIC-UES aumentaron, pero también porque hubo docentes que se alejaron de la investigación. En el balance de su gestión, la rectora afirmó que de 2002 a 2006 el CIC-UES había ejecutado 136 proyectos y que para 2007 había 33 en proceso de evaluación. Es indiscutible que, en esos años, la investigación científica renació en la UES. Además, se crearon importantes institutos de investigación que se sumaron a otros ya existentes.

Las apuestas más novedosas e interesantes en la investigación estuvieron ligadas a la salud y las ciencias naturales. Entre ellas destaca el Centro de Investigaciones y Desarrollo en Salud (CENSALUD) inaugurado en febrero de 2003, que trabaja en el diagnóstico, prevención, tratamiento, control y solución de problemas relacionados con la salud. Como parte de los actos inaugurales hubo una jornada científica que reunió a connotados científicos, entre ellos el Dr. Salvador Moncada, del Wilson Institute de Londres; Mirta Roses y Halfdan Mahler, de la Organización Panamericana de la Salud (OPS). Al acto de inauguración asistió el vicepresidente Carlos Quintanilla. En julio de 2004 se anunció la creación del Instituto de Ciencias del Mar y el Instituto de Ciencias de la Tierra. Ambas instituciones están dedicadas a la investigación sobre recursos naturales, pero también atienden el problema de los desastres naturales.

Uno de los proyectos académicos que más entusiasmó a la rectora fue el "Programa de Jóvenes Talento", que comenzó a funcionar como tal en la UES en 2000, teniendo como antecedente la "Academia Sabatina" que inició en 1997. Ese año se seleccionaron dos jóvenes de cada departamento, los cuales fueron "entrenados" algunos sábados, para que participaran en la Decimosegunda Olimpiada Iberoamericana de matemáticas. Aunque no se lograron medallas, la experiencia fue muy valiosa y estimulante, al punto que los jóvenes siguieron asistiendo a los trabajos sabatinos. En 1998, un estudiante ganó una medalla de bronce. La Academia Sabatina de matemáticas funcionaba en la Facultad de Ciencias Naturales. En 2000, El Salvador fue sede de la olimpiada centroamericana. Ese año, la doctora Rodríguez y Evelyn Jacir de Lovo, entonces ministra de Educación, hablaron con Carlos Vela, que trabajaba en un programa de Jóvenes Talento y organizaron lo que sería el Programa Jóvenes Talento, partiendo del trabajo de la Academia Sabatina.

En 2001 se constituyó el "Programa Futuros Dirigentes Técnico Científicos", mucho más ambicioso, ya que abarcaba química, física y biología y algunas áreas de ingeniería, contando ya con el apoyo del Ministerio de Educación. Para 2003 se atendía a 293 estudiantes (149 niños y 144 niñas), 146 procedían del departamento de San Salvador y el resto del interior del país, 189 eran de colegios privados y 104 de institutos públicos. Para el año 2007, el programa tenía importantes logros. Había acumulado 43 medallas en competencias internacionales, entre ellas una de oro, varias de plata y el resto de bronce. Cinco primeros bachilleres de la república habían sido parte del proyecto y trabajaban como tutores de otros jóvenes. Más importante, el programa había creado un espacio de formación competitivo y al alcance de jóvenes que de otro modo quizá no hubieran descubierto y desarrollado su potencial.

Este programa fue un componente importante del PFA como parte de los proyectados "Centros de excelencia", pues la Dra. Rodríguez lo vio como un modelo que debía replicarse en toda la Universidad. El PFA fue bloqueado porque el Consejo Superior Universitario no aprobó el uso de un préstamo de 25 millones de dólares otorgado por el BID al gobierno. Sin embargo, el CIC-UES, hoy Secretaría de Investigación Científica, y el Programa de Jóvenes Talento sobrevivieron y siguen demostrando que la UES puede hacer mucho más que solo formar profesionales.