El "Plan de Fortalecimiento Académico" (PFA) de la Universidad de El Salvador, propuesto por la Dra. María Isabel Rodríguez, apostaba por la investigación científica y la calidad académica como aporte de la Universidad al desarrollo del país. Obviamente requería una inyección de recursos financieros más allá de los presupuestos que se asignan cada año. Se logró que el Gobierno pusiera a disposición de la UES un préstamo del BID. Pero el origen de los fondos provocó un fuerte movimiento en contra.

Los opositores al PFA articularon su discurso en tres ejes que por razones históricas tenían buena acogida en la comunidad universitaria: primero afirmaban que el PFA tenía un sesgo elitista que rompería con la tradición popular y solidaria que supuestamente caracterizaba a la universidad. Ciertamente, todo el PFA apostaba a la calidad y la eficiencia. En principio parecía positivo, pero algunos sectores lo vieron como amenaza. Desde el primer periodo rectoral, los grupos que trabajaban con la Dra. Rodríguez eran vistos como elitistas, debido a su formación y a su insistencia en la calidad académica, la cualificación docente y la investigación como rasgos definitorios del quehacer universitario. Por ejemplo, un editorial de "El Radical" afirmaba: "Existe en la universidad un sentimiento que aquel que no escribe nada, no es nada (esto lo han planteado algunos asesores de la rectora) y si no se produce nada no se puede continuar en la universidad como académico". Más adelante señalaba que a la UES estaban llegando profesionales de la UCA: "Por cierto son personas pequeño burguesas, que se han formado en la UCA y tienen estudios en el extranjero". Ante la sensación de desventaja académica, se optaba por el rechazo y la descalificación.

Para ciertos sectores universitarios, formación de calidad, investigación y divulgación eran poco atractivos. Acostumbrados a un trabajo docente y administrativo poco exigente que se auto justificaba con un discurso de privaciones y sacrificios derivados de los años de la guerra civil. Se aducía que los profesores que no tenían posgrado eran los que habían sostenido a la universidad en los años más difíciles del conflicto y que no era justo que fueran desplazados o puestos en cuestión por otros que habían tenido mejores oportunidades, porque no se comprometieron con la universidad en los años de la guerra. Algo de eso era cierto, pero ya habían pasado casi tres lustros desde el fin de la guerra y algo tenía que cambiar.

En segundo lugar, el rechazo a la participación del BID en el financiamiento del PFA también se fundamentó en un pensamiento anti neoliberal con matices antiimperialistas que veía al BID como tentáculo de la dominación imperialista y las políticas neoliberales ligadas al "Consenso de Washington", pero sobre todo en el convencimiento de que todos los proyectos del BID tendían hacia la privatización de los servicios públicos. Por ende, el préstamo del BID apuntaba a la privatización de la UES.

Por último, también se afirmaba que la presencia del BID constituía una amenaza a la autonomía universitaria, aunque no hubiera ninguna evidencia al respecto. Sin embargo, los antecedentes históricos desde la década de 1960 daban ejemplos de atentados contra la autonomía universitaria y de intervenciones gubernamentales todavía frescos en la memoria de muchos universitarios. De los tres, el que tuvo más fuerza fue el de la privatización.

Ninguno de los tres ejes discursivos de la oposición era comprobable, pero tampoco eran fáciles de desmentir. Sobre todo, porque el debate –si es que lo hubo– discurrió por cauces muy diferentes. La rectora estaba convencida de las bondades del proyecto; sus argumentos eran básicamente académicos, a menudo un tanto complicados, sobre todo a la hora de mostrar cómo el PFA beneficiaría a sectores específicos de la universidad. Una de las críticas más recurrentes al programa era que las Facultades no aparecían ni como protagonistas ni como beneficiarias. En todo caso el discurso de los promotores del PFA era racional; por el contrario, el de los opositores era vehemente, simple y directo; recogía una tradición de lucha universitaria que encontraba su mejor manera de expresarse en las tomas de edificios, cierres de la UES, las pancartas, las pintas y el megáfono.

Por varios meses, la UES vivió un intenso conflicto. A pesar de que el proyecto contaba con amplio apoyo fuera de la Universidad, la oposición interna bloqueó toda posibilidad de acuerdo. El 25 de mayo de 2006, el CSU sometió a votación si se aceptaba el préstamo del BID para financiar el PFA. La respuesta fue no. Una nota periodística muestra el carácter de la rectora: "Al final se quedó sola manipulando el barco. Sus soldados le fallaron a la hora de la verdad. Cuando se disponían a votar a favor del financiamiento con el BID, la única mano alzada fue la de ella".

Curiosamente, tiempo después, con nuevas autoridades universitarias, se aprobó el préstamo; esta vez totalmente huérfano de apuestas académicas. A manera de pastel, los 25 millones simplemente se distribuyeron entre las doce Facultades, que los usaron como mejor les pareció. Se cerraba así la gestión de la Dra. Rodríguez en la UES. No fue un final feliz, como bien se aprecia en su discurso de despedida: "Pensé que me incorporaba a una Universidad que estaba clara de que la lucha por su desarrollo científico y tecnológico del más alto nivel era una obligación para contribuir al desarrollo del país". Quizá la Universidad no estaba lista para entender el alcance y las bondades de su pensamiento. Las grandes mentes siempre corren el riesgo de ser incomprendidas.